免疫接种仍然是预防猪流感的最主要方法。商品化的SIV疫苗为传统的通过肌内注射的灭活苗。大部分疫苗是含油佐剂的全病毒疫苗。初次免疫注射两次,间隔2~4周，母猪每年加强免疫两次。产前对母猪进行常规加强免疫可使仔猪获得更高水平,持续更长时间的母源抗体从而在整个哺乳期保护仔猪。育肥猪的免疫接种极少进行，也很难与母猪的接种相结合，因为被动免疫时间的延长可能会干扰仔猪免疫接种的效力。然而，这种措施对生长期/育肥期可能发生流感的猪群有效。
为保持欧洲和美国流行SIV之间的抗原基因差异，每个地区的疫苗由本地生产且完全含不同的毒株。即使在同一大陆内，也没有统一的标准疫苗株，不同的商品疫苗之间的抗原量及佐剂也不相同。
在欧洲，SIV疫苗于20世纪80年代中期首次获得批准,现在已应用于大部分而非全部国家。现有的大部分疫苗含自20世纪80年代以来流行的HIN1和H3N2亚型较古老的毒株，而没有更新。仅有一种三价疫苗含H1N2及最近的HINI和H3N2毒株。
在美国,单价HIN1 SIV疫苗最初于1993年引入。在1998年美国的猪群出现H3N2流感病毒后，单价H3N2及最终多价H1/H3疫苗也已投入使用。截至发稿时止，美国农业部(USDA)的兽医生物制品中心(CVB)批准的可在全国范围内使用的7种疫苗有单一H1N1 毒株和单一H3N2毒株的单价苗以及直到代表多个H1和H3分支的五价苗。与欧洲相比，近年来大部分制造商更新了SIV疫苗毒株,这与美国对于疫苗更换新毒株或增加新毒株采取灵活的批准程序有一定关系。来自北美及欧洲的部分商品疫苗也可用于亚洲一些国家。一种用于免疫猪预防2009年pH1N1流感病毒的疫苗在美国可以使用，但不适用于欧洲。
在美国,还广泛使用“自家苗”。这些疫苗属于专用疫苗，准许在单一猪养殖体系内使用。这些疫苗经过纯净及安全性检验，但不做效力检验。所以这些疫苗均为含佐剂的灭活疫苗。
大部分SIV疫苗的效力研究是通过免疫-攻毒试验进行的，即SIV-血清阴性猪免疫接种两次商品疫苗,并于二次免疫后的2~6周攻击异源SIV。这些实验使用不同的疫苗、攻毒毒株、接种途径及实验设计。极少能产生完全的免疫力。免疫接种不能完全阻止病毒传播，但可以降低肺脏、肺泡灌洗液、鼻咽拭子的病毒滴度，以及肺脏的大体及组织学病变。
仅有少数实验使用大剂量病毒气管接种攻毒，以评价临床保护力。尽管这些疫苗只能适当降低肺脏的病毒滴度,但对预防疫病仍十分有效。肺脏的病毒滴度与攻毒前病毒的HI抗体滴度呈负相关,这些抗体通常比同源疫苗病毒产生的抗体滴度低几倍，并且在二次疫接种后的2~ 6周内迅速下降。然而，之前感染同一亚型的流感病毒可显著提高单次免疫接种的血清抗体反应。后者的情形类似于田间情况，因为母猪在初次接种时通常已经感染一种或多种SIV。
由于多种新的SIV亚型及毒株的出现，近年来SIV疫苗的设计变得越来越复杂。我们需要一个更换或添加疫苗毒株的一致标准。
欧洲的几种商品疫苗明显能抵抗历经数年分离的H1N1和H3N2猪流感病毒,且与H1疫苗株(疫苗株和攻毒株之间的氨基酸78%~93%同源)及H3疫苗株(86%的氨基酸同源)相比有着显著的基因漂移。美国的商品疫苗对遗传分支不同于疫苗株的H3N2病毒的攻击能提供部分保护力。
现有的北美及欧洲疫苗对2009pH1N1流感病毒也可产生部分血清学交叉反应及交叉保护力，尽管流行性的H1病毒与大多数欧洲H1疫苗株间只有72%~75%的氨基酸同源。然而基于2009 pH1N1流感病毒的单价疫苗表现出优良的保护力。
另一方面，欧洲的H1N1和H3N2组成的二价疫苗不能诱导产生抗体或对欧洲H1N2病毒的攻击提供保护。这与疫苗株和攻毒株H1之间氨基酸同源性很低(70.5%)的结果一致。然而矛盾的是，在试验研究中,与攻毒株HA基因关系更远的毒株制成的商品疫苗比与攻毒株HA基因关系最近的毒株制成的疫苗提供了更好的保护力。
事实上，所有的试验数据表明商品疫苗中佐剂及抗原量的不同，对于SIV疫苗效力至少同疫苗中采用的SIV毒株一样重要。与无佐剂的人流感疫苗提供的保护作用相比，大多数猪流感病毒疫苗中的油佐剂提供了更广的保护力。
所谓的SIV新型疫苗仍处于试验阶段,结果不尽如人意。这些疫苗包括以流感的HA、NP、M基因或其组合为基础的DNA疫苗，表达M2蛋白的重组疫苗，以及表达SIV、HA和/或NP的人5型腺病毒载体疫苗。这类疫苗与传统的灭活苗以免疫增强方式联合使用时的效果更好，将来有望采取这种联合免疫措施。一种用NS1基因修饰的弱毒活疫苗经过IT/IN途径免疫接种猪对不同亚型毒株的攻击可提供部分保护力。
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