霉菌毒素主要是由霉菌分泌出来的二级产物，目前霉菌种类已经查证的有318种，其中曲霉属49种，青霉菌属92种，镰刀菌属36种，其他还有96属141种，而能够产生的毒性代谢产物即霉菌毒素共21类，340种。这些霉菌毒素能够引起动物不同的生理表现，其中有病名的霉菌毒素中毒病有23种。
霉菌毒素的命名很不统一，通常在畜牧生产中常见并能直接影响动物生长性能的霉菌毒素霉菌毒素主要由四种霉菌属产生：
曲霉菌属-如黄曲霉毒素（黄曲霉毒素Altoxin）、赭曲霉毒素（Ochratoxin）
梭菌属-如玉米赤霉烯酮（Zearalenone）、呕吐毒素（Vomitoxin）、T-2毒素等
青霉菌属-如桔青霉素（Citrinin）
麦角菌属-如麦角毒素（Ergotamin）
霉菌毒素对动物的危害通常可以分为临床危害及亚临床危害，而亚临床危害常常被人们忽略，霉菌毒素会造成严重的免疫抑制，抑制蛋白质的合成，分泌细胞松弛素；抑制淋巴T细胞的应答反应，造成淋巴B细胞区坏死；刺激下丘脑-肾上腺系统，引起免疫力下降，从而危害畜牧生产整体的生物安全。，因此霉菌毒素的毒性主要表现在免疫抑制、致癌致畸、肝肾毒性、繁殖障碍等。霉菌毒素对畜禽外观的影响通常是生产性能下降，诱发多种疾病，采食量减少，饲料报酬下降，具体症状在不同霉菌毒素之间有所区别。
主要常见有以下几种霉菌毒素：
1、玉米赤霉烯酮（Zearalenone）
主要是由禾谷镰刀菌、三线镰刀菌、尖孢镰刀菌、黄色镰刀菌（F.culmorum）、串珠镰刀菌、木贼镰刀菌、燕麦镰刀菌、雪腐镰刀菌等菌种产生的有毒代谢产物。玉米赤霉烯酮主要污染玉米、小麦、大麦、燕麦、小米、芝麻、干草和青贮饲料等。畜禽摄食被玉米赤霉烯酮污染的谷物和饲料后，可引起动物的类似雌性激素中毒症。
猪：临床表现为繁殖障碍。初情前期后备母猪假发情，外阴和阴道肿胀和水肿，直肠脱垂；发情中期母猪的休情；妊娠母猪感染玉米赤霉烯酮后发生流产死胎，每胎产仔量减少，成活率低，产下乳猪八字脚，生殖器和子宫肥大，新生后备母猪外阴及乳头肿胀；公猪接触玉米赤霉烯酮后表现为包皮增大，睾丸萎缩，乳腺肿大等雌性化影响，精子数减少，精子成活率降低。
2、黄曲霉毒素（Aflatoxin）
黄曲霉素素是高毒性和高致癌性毒素，由黄曲霉菌（Aspergillus）、寄生曲霉（A.porasiticus）和软毛青霉（Penicillium puberulum）产生。是由两个不等的二氢呋喃妥因环组成的化合物。黄曲霉毒素B1毒性最强，几乎对所有动物的肝脏都是原发性毒，它与细胞核和线粒体DNA结合，造成蛋白质合成受损，干扰肝肾功能，抑制免疫系统。
猪：临床表现为精神沉郁厌食，生长受阻，体重减轻，被毛粗糙，进一步发展为黄疸，贫血及出血性腹泻，并出现以低凝血酶原血为特征的凝血病。肝脏损伤，各种酶含量升高，包括丙氨酸转氨酶，碱性磷酸酶等。当猪出现急性黄疸、出血或凝血病不能以其他原因解释时，应考虑为黄曲霉素素中毒；出现生长缓慢、营养不良等慢性征兆以及持续发生轻度传染病时，也应提示黄曲霉毒素中毒；当出现特征性肝损伤和临床化学变化时，应明确提示为黄曲霉毒素中毒。
3、呕吐毒素Vomitoxin
单端孢霉素类毒素，由镰孢菌属（Fusarium spp.）产生，具有环氧化物基团。常见于玉米和小麦中，引起采食量减少。
猪：引起猪条件性味觉厌恶，临床表现为拒食，呕吐，腹泻，皮肤炎症
4、T-2 毒素T-2 Toxin
单端孢霉类毒素，由镰孢霉属产生，引起消化道出血及坏死，抑制骨髓及脾的再生造血功能，降低免疫功能并导致生殖器官病变。T-2毒素感染的典型症状为体重降低、饲料利用率差、食欲降低、呕吐、血痢、流产、甚至死亡。
猪：临床表现为消化障碍，采食量下降，下血痢，流产。
5、赭曲毒素Ochartoxins
赭曲霉毒素是由赭曲霉（Aspergillus ochraceus）和纯绿青霉（Penicilliumviridicatum）产生的一种肾毒素。引起动物烦渴、尿频、生长缓慢，肾脏苍白坚硬，病理变化包括血尿素氮、天冬氨酸转移酶增加，尿中葡萄糖及蛋白质含量上升。
猪：临床表现为肾病变，精神抑郁，脱水，厌食。
6、烟曲霉毒素 Fumonisins
烟曲霉毒素由念珠镰孢霉（F.moniliforme）产生。是具有一个末端胺基和两个三羧酸侧链的耐碱脂肪烃，烟曲霉毒素有B1,B2,B3三种结构，干扰细胞功能，可诱发癌前期肝结节。
猪：引起肺水肿病，肝脏受损。嗜睡、斜卧、厌食、体重减轻
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