典型的猪流感暴发以高热(40.5~41. 5°C,105~106.7℉)、厌食、倦怠、扎堆、卧地不起、呼吸急促以及几天后的咳嗽为特征。吃力的腹式呼吸及呼吸困难最为典型。经过1~3 d的潜伏期后,突然发病。发病率高(高达100%),但当单一感染时死亡率低(通常低于1%)。通常在发病后5~7d快速痊愈。临床上典型的急性猪流感的暴发一般只限于完全易感的血清阴性猪,不论是无免疫保护力的保育猪或是老龄猪

感染HIN1、HIN2及H3N2亚型病毒有着相似的临床症状且所有亚型及家系的病毒都伴随有严重的呼吸道症状。实验研究尚未有力的证实猪流感病毒的株系之间有毒力差异。

几个其他除免疫状态之外的因素可能也决定着猪流感病毒感染的临床结果,这些因素包括年龄、感染压力、气候条件、猪舍条件及并发感染。可以确定的是,继发感染细菌如胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌,猪肺炎支原体,副猪嗜血杆菌及2型猪链球菌,可加重猪流感病毒感染的严重性及进程。

其他的呼吸道病毒,如猪呼吸道冠状病毒(PRCV)及猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)通常与猪流感一样在相同年龄发生感染。 这些病原中,PRRSV、猪肺炎支原体及猪流感病毒在表现猪呼吸道综合征(PRDC)临床症状的10~22周龄猪体内经常能检测到。几次将猪流感病毒与猪肺炎支原体、猪呼吸道冠状病毒或猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒一同进行双重感染的试验显示,双重感染比单一病毒感染临床症状更严重。 然而,将任何两种感染性病原结合很难可靠地复制出疾病,并且其他研究未能表明疾病的加重。因此,猪呼吸道综合征(PRDC)的发病机理仍难以解释。

猪群暴发流感之后,饲养人员及兽医偶有报告猪群的繁殖力下降,例如,不孕、流产、弱仔及死产的增多。然而,很少有数据说明流感病毒感染猪的生殖道或直接导致繁殖性疾病。

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