本规范适用于非洲猪瘟病毒流行毒株与非洲猪瘟病毒CD2v和MGF 360-505R基因缺失株的荧光PCR方法鉴别检测。
1. 主要试剂
1.1 核酸提取试剂盒。
1.2 无核酸酶水。
1.3 荧光PCR预混液(2×)。
1.4 引物和探针:P72、CD2v、MGF360-505R基因扩增引物和探针由国家非洲猪瘟参考实验室设计并提供(联系人:李林,电话:0532-87839188)。
1.5 阳性和阴性对照:阳性对照样品为ASFV基因组DNA标准物质(用无核酸酶水稀释1000倍后使用),由国家非洲猪瘟参考实验室提供;阴性对照样品为无核酸酶水。
2. 主要仪器设备
2.1 荧光PCR扩增仪。
2.2 台式低温高速离心机。
2.3 组织匀浆机。
2.4 微量可调移液器(2.5 μL、10 μL、100 μL、200 μL、1000 μL等不同规格)。
2.5 无核酸酶离心管与吸头。
2.6 PCR扩增管。
3. 样品采集和运输保存
对活猪,可采集抗凝全血(EDTA抗凝)、口鼻拭子或血清等;对病死猪或已屠宰猪,可采集脾脏、淋巴结、扁桃体、肝脏等组织。尽快送至实验室进行病毒核酸检测。
样品的运送与保存应满足NY/T 541《兽医诊断样品采集、保存与运输技术规范》相关要求。上述样品可在4°C最长保存2天;如需长时间保存,应置于-20°C以下。
4. 样品处理
4.1 组织样品
取0.1 g~0.2 g样品,加入1 mL~2 mL预冷的PBS(pH 7.4),用组织匀浆机高速匀浆,制成10%组织匀浆液,以5000 r/min离心10 min,取200 μL上清液进行核酸提取。
4.2 液体样品
抗凝全血、血清等液体样品不需进行特殊处理,直接取200 μL进行核酸提取。
5. 病毒核酸的提取和纯化
取已进行前处理的样品200 μL,可按传统方法提取病毒核酸,也可采用病毒核酸提取试剂盒、自动化核酸提取仪提取病毒核酸。提取后的病毒核酸应立即使用或置于-20°C以下冷冻保存。每次抽提核酸,应包括一个阳性对照样品和一个阴性对照样品。
6. 荧光PCR检测
6.1 荧光PCR反应液制备
在灭菌的离心管中制备符合检测样品数量(包括阳性、阴性对照)要求的荧光PCR反应混合液,至少额外制备两个样品的量。每个样品配制20 µL PCR反应混合液,组成如下:7.5 mL P72、CD2v、MGF360-505R基因引物、探针预混液(P72、CD2v、MGF360-505R基因探针分别用FAM、VIC和Cy5进行标记)、12.5 mL 2×探针法荧光PCR预混液。
分别取20 µL PCR反应混合液加至每个PCR扩增管中;再分别取5 µL DNA模板加入到PCR扩增管中。每次进行荧光PCR扩增时均应设立阳性、阴性对照。阳性对照应用阳性对照样品所提取核酸作为模板,阴性对照应用阴性对照样品所提取核酸作为模板。加入模板后,密封PCR扩增管,瞬时离心。将所有PCR扩增管放在荧光PCR仪中。按下述条件运行扩增程序。
6.2 荧光PCR扩增条件
50°C孵育2min;95°C预变性5min;95°C变性15s,60°C退火延伸1min,45个循环,在每一循环的60°C时收集FAM、VIC和Cy5通道中的荧光信号。
6.3 结果分析
Ct值由荧光PCR仪的软件自动确定。
6.3.1 试验成立条件
阳性对照P72、CD2v、MGF 360-505R基因的Ct值均<35且出现特异性扩增曲线,阴性对照P72、CD2v、MGF 360-505R基因无Ct值或阴性对照P72、CD2v、MGF 360-505R基因Ct值≥40且无特异性扩增曲线,判为试验有效。试验无效时应重新进行试验。
6.3.2 P72、CD2v、MGF 360-505R基因检测结果判定
6.3.2.1 P72基因检测结果判定(FAM通道)
被检样品Ct值≤38且出现特异性扩增曲线,判为ASFV P72基因检测阳性;无Ct值或Ct值≥40,判为ASFV P72基因检测阴性;38<Ct值<40且出现特异性扩增曲线,判为疑似。对疑似样品,再进行1次复检,做3个重复;至少2个重复Ct值<40且出现特异性扩增曲线即判为ASFV P72基因检测阳性,否则判为ASFV P72基因检测阴性。
6.3.2.2 CD2v基因检测结果判定(VIC通道)
被检样品Ct值≤38且出现特异性扩增曲线,判为ASFV CD2v基因检测阳性;无Ct值或Ct值≥40,判为ASFV CD2v基因检测阴性;38<Ct值<40且出现特异性扩增曲线,判为疑似。对疑似样品,再进行1次复检,做3个重复;至少2个重复Ct值<40且出现特异性扩增曲线即判为ASFV CD2v基因检测阳性,否则判为ASFV CD2v基因检测阴性。
6.3.2.3 MGF 360-505R基因检测结果判定(Cy5通道)
被检样品Ct值≤38且出现特异性扩增曲线,判为ASFV MGF 360-505R基因检测阳性;无Ct值或Ct值≥40,判为ASFV MGF 360-505R基因检测阴性;当38<Ct值<40且出现特异性扩增曲线,判为疑似。对疑似样品,再进行1次复检,做3个重复;至少2个重复Ct值<40且出现特异性扩增曲线即判为ASFV MGF 360-505R基因检测阳性,否则判为ASFV MGF 360-505R基因检测阴性。
6.3.3 综合判定
结合P72、CD2v、MGF 360-505R等3个基因的检测结果进行综合判定。具体判定标准见附表。
附表 综合判定标准
综合判定结果 | 检测结果 | ||
P72-FAM | |||
ASFV流行株阳性 | + | + | + |
ASFV CD2v基因缺失株阳性 | + | - | + |
ASFV MGF基因缺失株阳性 | + | + | - |
ASFV CD2v与MGF基因双缺失株阳性 | + | - | - |
ASFV阴性 | - | - | - |
注:“+”代表检测阳性;“-”代表检测阴性
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